藍星魚在未達到性成熟之前，雌雄特征不明顯，性別較難區別，仔細觀察才可以比較出來： 
    （1）體色：雄魚色澤比較鮮艷，而雌魚則比較黯淡； 
    （2）背鰭和腹鰭：雄魚背鰭比較大，背鰭和臀鰭后端呈尖狀，而雌魚背鰭比較小，背鰭和臀鰭后端則較圓鈍； 
    （3）腹部：雄魚腹部不飽滿，而雌魚腹部則較飽滿； 
    （4）絲狀胸鰭：雄魚絲狀胸鰭基部呈明顯桔紅色，而雌魚絲狀胸鰭基部不具明顯的桔紅色。 
    當受驚恐時，雌雄魚體上都會呈現不規則傾斜的條紋